股權轉讓協議糾紛是指因股權轉讓協議的履行問題所引發的法律糾紛。在處理這類糾紛時，首先需要確定案件的管轄法院。管轄法院的確定涉及到法律的適用、當事人的權益保護以及案件審理的效率等重要問題。

根據中國的民事訴訟法及其相關規定，股權轉讓協議糾紛一般由以下幾個法院來管轄和審理：

1.基層人民法院

對股權轉讓協議糾紛總額不超過人民幣五十萬元的案件，一般由基層人民法院管轄。這些法院包括基層人民法院的民事庭或者專門的人民調解委員會。基層法院通過人民調解方式調解，為當事人提供及時、省時、廉價的解決方案。

2.中級人民法院

對一般的股權轉讓協議糾紛案件，其爭議金額在人民幣五十萬元至五千萬元之間的，一般由中級人民法院管轄。中級法院更具專業性，能夠更好地審理法律問題并保障當事人的權益。

3.最高人民法院

對爭議金額超過人民幣五千萬元的重大股權轉讓協議糾紛案件，以及對兩個或者兩個以上法院審理出同樣或者不同判決結果的案件，可以向最高人民法院提出上訴。最高人民法院擔負著監督全國司法工作的職責，具有最終審判權，能夠確保法律的統一和保障當事人的合法權益。

除了以上三種管轄法院之外，當事人還可以根據合同中約定的仲裁條款選擇仲裁機構進行解決糾紛。仲裁是一種非訴訟的糾紛解決方式，它具有程序簡單、彈性和保密性高的優勢。

應當指出的是，根據中國的立法體系以及司法實踐，后期可能會根據案件的具體情況進行多元解決的方式，比如訴調對接、調解、調解裁判等。這些解決方式都旨在更好地保障當事人的合法權益，并提高案件的處理效率。

股權轉讓協議糾紛的管轄法院根據爭議金額、合同約定以及案件的具體情況來確定。當事人可以根據自身利益和要求選擇合適的管轄法院進行糾紛解決。在選擇法院的同時，還應考慮到實際情況以及糾紛解決的成本、效率等因素，綜合權衡選擇最適合的解決方式，以達到公平公正的目的。